تكون لمجلس الدولة أمانة عامة تشكل من أمين عام، ومساعدين للأمين العام، وعدد كافي من الموظفين، حيث يتم تعيين الأمين العام لمجلس الدولة بموجب مرسوم سلطاني.
وتتولى الأمانة العامة القيام بالأعمال اللازمة لمعاونة المجلس وجميع أجهزته في مباشرة اختصاصاتها ومسؤولياتها، طبقا للقواعد التنظيمية العامة التي يقررها رئيس المجلس.  
وتكون للأمين العام فيما يتعلق بالشؤون المالية والإدارية وشؤون الموظفين بالمجلس الصلاحيات المقررة لوكيل الوزارة في القوانين والمراسيم السلطانية المطبقة على وحدات الجهاز الإداري للدولة، كما يتولى الأمين العام بعض الاختصاصات ومنها:

• الأشراف على الأمانة العامة وموظفيها، ورقابة أدائهم لواجباتهم الوظيفية.
• حضور جلسات المجلس ومكتب المجلس.
• التحضير لجلسات المجلس وتجهيز جداول الأعمال المقرة من المكتب بالتنسيق مع الرئيس، والإشراف على إعداد محاضر جلسات المجلس واجتماعات مكتب المجلس.
• أية مهام أخرى تسند إليه من المجلس، أو رئيس المجلس، أو مكتب المجلس.